อำเภอบางปะอินแบ่งเขตการปกครองย่อยออกเป็น 18 ตำบล 149 หมู่บ้าน ได้แก่

1. บ้านเลน (Ban Len) 

2. เชียงรากน้อย (Chiang Rak Noi) 

3. บ้านโพ (Ban Pho)

4. บ้านกรด (Ban Krot) 

5. บางกระสั้น (Bang Krasan) 

6. คลองจิก (Khlong Chik) 

7. บ้านหว้า (Ban Wa)

8. วัดยม (Wat Yom)

9. บางประแดง (Bang Pradaeng) 

10. สามเรือน (Sam Ruean) 

11. เกาะเกิด (Ko Koet)

12. บ้านพลับ (Ban Phlap)

13. บ้านแป้ง (Ban Paeng)

14. คุ้งลาน (Khung Lan)

15. ตลิ่งชัน (Taling Chan)

16. บ้านสร้าง (Ban Sang)

17. ตลาดเกรียบ (Talat Kriap)

18. ขนอนหลวง (Khanon Luang)

บางปะอิน เป็นอำเภอหนึ่งใน 16 อำเภอของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา เดิมชื่อ อำเภอพระราชวัง ต่อมาในปี พ.ศ. 2460 ได้เปลี่ยนชื่อมาเป็นชื่ออำเภอดังเช่นปัจจุบัน ซึ่งเป็นอำเภอที่มีประชากรมากเป็นอันดับ 2 ของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา

อำเภอบางปะอินตั้งอยู่ทางทิศใต้ของจังหวัด มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียง ดังนี้

ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอพระนครศรีอยุธยาและอำเภออุทัย

ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอวังน้อย

ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอคลองหลวงและอำเภอสามโคก (จังหวัดปทุมธานี)

ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอบางไทร